COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-15 17:00:00 8.934262 7.548851 7.711707
2020-10-14 17:00:00 8.369767 8.369767 7.490066
2020-10-13 17:00:00 8.398804 8.398804 7.250337
2020-10-12 17:00:00 7.743634 7.743634 6.955339
2020-10-11 17:00:00 7.940851 7.940851 6.689552
2020-10-10 17:00:00 7.145265 7.145265 6.402849
2020-10-09 17:00:00 6.901159 6.901159 6.084265

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-15 17:00:00 10.712401 7.641542 7.848010
2020-10-14 17:00:00 8.848315 8.848315 7.525256
2020-10-13 17:00:00 8.133705 10.142411 7.308094
2020-10-12 17:00:00 8.546384 8.546384 7.085271
2020-10-11 17:00:00 5.292096 5.292096 6.756866
2020-10-10 17:00:00 7.148289 7.148289 6.450665
2020-10-09 17:00:00 7.002039 7.002039 6.111605

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-15 17:00:00 3.752535 3.752535 1.728283
2020-10-14 17:00:00 0.929752 0.929752 1.727228
2020-10-13 17:00:00 0.666112 0.829016 1.645804
2020-10-12 17:00:00 8.461538 1.143451 1.626864
2020-10-11 17:00:00 1.351351 1.351351 1.611163
2020-10-10 17:00:00 4.322430 1.635514 1.759538
2020-10-09 17:00:00 2.069614 2.069614 1.790075

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-15 17:00:00 1.992846 1.992846 2.369324
2020-10-14 17:00:00 2.464066 2.464066 2.272476
2020-10-13 17:00:00 1.846412 1.846412 2.196400
2020-10-12 17:00:00 4.315961 4.315961 2.113745
2020-10-11 17:00:00 2.063679 2.063679 2.019132
2020-10-10 17:00:00 2.671906 3.569554 1.924317
2020-10-09 17:00:00 1.947149 1.947149 1.819962

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-15 17:00:00 10.156813 8.893479 9.147325
2020-10-14 17:00:00 10.114999 10.114999 9.120693
2020-10-13 17:00:00 8.879877 8.879877 9.149556
2020-10-12 17:00:00 10.792305 10.792305 9.224705
2020-10-11 17:00:00 7.479617 7.479617 9.167549
2020-10-10 17:00:00 8.053366 8.053366 9.099732
2020-10-09 17:00:00 9.777495 9.777495 8.982275

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-15 17:00:00 7.040721 7.040721 6.358398
2020-10-14 17:00:00 4.319572 4.319572 6.229161
2020-10-13 17:00:00 7.611607 7.611607 6.067588
2020-10-12 17:00:00 8.318934 8.318934 6.027832
2020-10-11 17:00:00 8.283003 8.283003 5.870253
2020-10-10 17:00:00 6.981407 6.981407 5.729087
2020-10-09 17:00:00 5.456702 5.456702 5.449300

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-15 17:00:00 6.595538 6.595538 6.806165
2020-10-14 17:00:00 7.407407 7.407407 6.563451
2020-10-13 17:00:00 3.865717 3.865717 6.439109
2020-10-12 17:00:00 5.694981 5.694981 6.328270
2020-10-11 17:00:00 12.125000 12.125000 6.163382
2020-10-10 17:00:00 6.306306 6.306306 5.963489
2020-10-09 17:00:00 8.984615 8.984615 5.711492

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-15 17:00:00 4.837527 3.184298 3.369674
2020-10-14 17:00:00 4.918033 3.505117 3.416634
2020-10-13 17:00:00 4.715368 3.139506 3.424816
2020-10-12 17:00:00 3.105102 3.105102 3.413199
2020-10-11 17:00:00 3.551259 3.551259 3.394861
2020-10-10 17:00:00 3.572758 3.572758 3.361664
2020-10-09 17:00:00 3.739492 3.739492 3.325502

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-15 17:00:00 18.477331 18.477331 13.433861
2020-10-14 17:00:00 17.779961 17.779961 12.985112
2020-10-13 17:00:00 16.635653 10.941680 12.569651
2020-10-12 17:00:00 25.375171 10.443571 12.297045
2020-10-11 17:00:00 23.436551 11.596843 11.952541
2020-10-10 17:00:00 10.884006 10.884006 11.460129
2020-10-09 17:00:00 12.844037 12.844037 10.998978

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-15 17:00:00 10.173245 5.197362 7.750439
2020-10-14 17:00:00 10.026643 10.026643 7.470111
2020-10-13 17:00:00 9.446340 9.446340 7.225816
2020-10-12 17:00:00 7.310924 7.310924 6.892103
2020-10-11 17:00:00 10.371859 10.371859 6.592270
2020-10-10 17:00:00 7.999439 7.999439 6.240344
2020-10-09 17:00:00 6.003787 6.003787 5.838637

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-15 17:00:00 9.648518 9.648518 7.412210
2020-10-14 17:00:00 9.341587 6.407323 7.160977
2020-10-13 17:00:00 9.172260 9.172260 6.898756
2020-10-12 17:00:00 7.889126 7.889126 6.520720
2020-10-11 17:00:00 7.510431 7.510431 6.277011
2020-10-10 17:00:00 6.559878 6.559878 5.999264
2020-10-09 17:00:00 4.124579 4.124579 5.701587

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-15 17:00:00 3.318584 6.060606 3.498477
2020-10-14 17:00:00 5.056180 5.056180 3.229777
2020-10-13 17:00:00 9.333333 2.000000 2.982612
2020-10-12 17:00:00 1.678657 1.678657 2.724010
2020-10-11 17:00:00 5.944798 5.944798 2.586816
2020-10-10 17:00:00 1.941748 1.941748 2.345041
2020-10-09 17:00:00 1.757188 2.325581 2.136499

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-15 17:00:00 10.913140 10.913140 10.746811
2020-10-14 17:00:00 17.366947 17.366947 10.346466
2020-10-13 17:00:00 7.943925 7.943925 9.886819
2020-10-12 17:00:00 8.823529 8.823529 9.550651
2020-10-11 17:00:00 10.606061 10.606061 9.204595
2020-10-10 17:00:00 9.694415 9.694415 8.699993
2020-10-09 17:00:00 10.855683 10.855683 8.132993

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-15 17:00:00 15.816327 15.816327 8.867626
2020-10-14 17:00:00 5.078809 5.078809 8.769818
2020-10-13 17:00:00 9.427609 9.427609 8.680344
2020-10-12 17:00:00 3.125000 8.843537 8.740306
2020-10-11 17:00:00 7.800000 7.800000 8.572773
2020-10-10 17:00:00 8.417508 8.417508 8.585757
2020-10-09 17:00:00 8.843537 8.843537 8.376467

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-15 17:00:00 13.579598 12.055661 12.542854
2020-10-14 17:00:00 25.240263 25.240263 12.198487
2020-10-13 17:00:00 17.390012 17.390012 11.798716
2020-10-12 17:00:00 9.997798 9.997798 11.614617
2020-10-11 17:00:00 8.178364 8.178364 11.059649
2020-10-10 17:00:00 9.834450 9.834450 10.651331
2020-10-09 17:00:00 12.803321 12.803321 10.272164

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-15 17:00:00 7.152797 7.152797 6.654912
2020-10-14 17:00:00 9.090909 9.090909 6.602912
2020-10-13 17:00:00 4.245283 5.348388 6.406600
2020-10-12 17:00:00 8.143154 4.788045 6.312932
2020-10-11 17:00:00 11.355115 6.551298 6.317072
2020-10-10 17:00:00 5.330243 5.330243 6.198371
2020-10-09 17:00:00 7.126503 7.126503 6.031294

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-15 17:00:00 7.808564 5.520571 7.384248
2020-10-14 17:00:00 6.259620 6.259620 7.375786
2020-10-13 17:00:00 7.343312 7.343312 7.184820
2020-10-12 17:00:00 9.772727 9.772727 7.142207
2020-10-11 17:00:00 10.280374 10.280374 7.106344
2020-10-10 17:00:00 9.436834 9.436834 6.904261
2020-10-09 17:00:00 6.380952 6.380952 6.678249

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-15 17:00:00 8.600992 8.600992 6.965720
2020-10-14 17:00:00 8.329540 8.329540 6.797873
2020-10-13 17:00:00 6.416907 6.416907 6.578498
2020-10-12 17:00:00 12.552654 6.781975 6.330278
2020-10-11 17:00:00 10.694995 6.833870 6.124300
2020-10-10 17:00:00 6.088443 6.088443 5.916886
2020-10-09 17:00:00 5.421126 5.421126 5.677041

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-15 17:00:00 7.374032 7.374032 7.256598
2020-10-14 17:00:00 7.765024 7.765024 7.060490
2020-10-13 17:00:00 8.897127 8.897127 6.878632
2020-10-12 17:00:00 7.470343 7.470343 6.731690
2020-10-11 17:00:00 6.357600 6.357600 6.486441
2020-10-10 17:00:00 6.956080 6.956080 6.226780
2020-10-09 17:00:00 6.617345 6.617345 5.963920

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-15 17:00:00 13.377416 7.044761 7.838087
2020-10-14 17:00:00 7.106855 7.106855 7.742713
2020-10-13 17:00:00 9.791217 9.791217 7.559729
2020-10-12 17:00:00 6.687754 6.687754 7.519203
2020-10-11 17:00:00 7.917889 7.917889 7.416383
2020-10-10 17:00:00 10.185185 10.185185 7.207119
2020-10-09 17:00:00 9.698137 9.698137 7.043841

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-15 17:00:00 29.130435 43.086817 23.251362
2020-10-14 17:00:00 27.205882 27.205882 21.857985
2020-10-13 17:00:00 18.232044 18.232044 20.689110
2020-10-12 17:00:00 21.333333 21.333333 19.705062
2020-10-11 17:00:00 10.344828 10.344828 18.484229
2020-10-10 17:00:00 28.205128 28.205128 17.113057
2020-10-09 17:00:00 15.789474 15.789474 15.946062

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-15 17:00:00 8.291874 8.291874 10.142337
2020-10-14 17:00:00 8.025898 8.025898 9.782834
2020-10-13 17:00:00 26.766004 26.766004 9.530832
2020-10-12 17:00:00 13.104275 13.104275 9.406711
2020-10-11 17:00:00 9.945504 9.945504 9.049575
2020-10-10 17:00:00 10.222303 10.222303 8.474658
2020-10-09 17:00:00 11.177907 11.177907 7.766909

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 10.712401 7.641542 7.848010
Basilicata 3.752535 3.752535 1.728283
Calabria 1.992846 1.992846 2.369324
Campania 10.156813 8.893479 9.147325
Emilia-Romagna 7.040721 7.040721 6.358398
Friuli Venezia Giulia 6.595538 6.595538 6.806165
Lazio 4.837527 3.184298 3.369674
Liguria 18.477331 18.477331 13.433861
Lombardia 10.173245 5.197362 7.750439
Marche 9.648518 9.648518 7.412210
Molise 3.318584 6.060606 3.498477
P.A. Bolzano 10.913140 10.913140 10.746811
P.A. Trento 15.816327 15.816327 8.867626
Piemonte 13.579598 12.055661 12.542854
Puglia 7.152797 7.152797 6.654912
Sardegna 7.808564 5.520571 7.384248
Sicilia 8.600992 8.600992 6.965720
Toscana 7.374032 7.374032 7.256598
Umbria 13.377416 7.044761 7.838087
Valle d'Aosta 29.130435 43.086817 23.251362
Veneto 8.291874 8.291874 10.142337

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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